O desaparecimento de Gerardo Moncada e Fernando Galeano vira notícia na Colômbia e as coisas se complicam para Pablo Escobar dentro de sua "prisão". Peña e Murphy comemoraram a repercussão do vazamento das informações para a mídia, mas acabam sendo suspensos de seus trabalhos por terem interferido no acordo entre Escobar e o governo local. Após momentos de suspense e muita investigação, finalmente conseguem confirmar que o maior traficante do país matou seus parceiros dentro de La Cadedral. Então o Presidente fica em uma situação difícil... A pressão para acabar com a festa do "prisioneiro" aumenta, mas como enfrentar o poder de Escobar sem fazer com que o país entre em uma guerra civil? Mas não é só no Palácio que as coisas se complicam, quando tudo parecia controlado para a dupla do DEA, Murphy é sequestrado!


Nas cenas seguintes, a La Catedral fica cercada pelo Exército. A primeira intensão seria apenas mostrar que o governo estava investigando as mortes que poderiam ter acontecido no local; além de tentar mover o prisioneiro famoso para um local com credibilidade em Bogotá... Mas tudo vai sair do controle. A família de Pablo se encarrega de fugir das proximidades de La Catedral e o bandido trata de se armar para garantir sua fuga. Contudo, a estratégia do traficante surpreende: ele dá ordens para que seus homens sejam astutos e abram espaço para negociações com o Presidente. Assim, o vice-ministro da Justiça, Eduardo Sandoval, é enviado por Gavíria para conversar com o bandido. O representante do governo acaba tendo que entrar na prisão para executar as ordens de negociar a transferência de Escobar. Mas, ao entrar em La Catedral, Eduardo não consegue mais sair... O traficante e o vice-ministro conversam e é claro que o prisioneiro não acredita que o governo só deseja transferi-lo. Assim, Pablo decreta sua decisão: recusa respeitosamente. Quando Eduardo tenta avisar o Presidente sobre o que está acontecendo, Gavíria não o atende, e então as coisas se complicam de vez.


No Palácio do Governo, Gavíria decide não negociar mais nada com Pablo Escobrar e dá ordens para invadir La Cadetral. E como que por telepatia, o bandido percebe tudo o que está acontecendo e deixa claro para Eduardo que o Presidente condenou o "amigo" à morte enviando-o à prisão. Então a tensão aumenta e o vice-ministro não fica por baixo ao dizer que morreria satisfeito se isso significasse a condenação real de Pablo Escobar! Assim, termina a conversa entre os dois e o mafioso dá sua última ordem: "não o matem, se for para ele morrer, que seja pelas mãos de seu próprio Governo. Boa sorte vice-ministro", encerra Escobar. Enquanto isso, a esposa de Murphy se preocupa com o sumiço do marido e Peña começa sua busca pelo parceiro. Mas adivinha onde o agente foi parar? Na casa de Herrera, o traficante do cartel de Cali e concorrente direto de Escobar. O "encontro" foi para propor uma parceria com o DEA para, juntos, combaterem seu inimigo comum. Mas nosso herói não se corrompe fácil e respondeu que logo após a queda de Pablo Escobar, Herrera seria o próximo! O exército invade La Catedral e, após um combate sangrento, o traficante famoso consegue escapar ileso! E Eduardo também! Para terminar a primeira temporada, Murphy é liberado e sua esposa o pede para ir para casa. Então ele responde: "nós estamos em casa". A guerra recomeça na Colômbia e o nosso herói promete que, desta vez, matará Pablo Escobar!